《超时空之轮》的隐藏要素包括：
次元的歪曲层迷宫：
入口在六千五百万年前和公元六百年的地图中部的时空断层。进入六千五百万年前的地图会触发剧情，要求全部消灭北之森的怪物后，可以接受龙之圣域居民的任务。
龙之圣域任务：
在消灭北之森的怪物后，可以接到龙之圣域居民的任务。任务中需要找到黄金巴库，并在黄金之沙中培育黄金之树的幼苗，最后在公元六百年的龙之圣域找到黄金巴库并战斗胜利后完成任务。
虹之源石任务 （六千五百万年前）：接到任务后，进入大湿原东边的绿山，战胜BOSS后获得虹之源石，回村交任务后任务完成。
源石的秘密任务
（六千五百万年前）：得到虹之源石后，与怪物对话得知秘密，任务完成。
封印宝物项链：
在补充能源后，可以打开所有封印的门和宝箱。需要注意的是，600年的几个宝箱在解开封印时会先询问是否要打开，此时应回答“不”，然后去1000年打开宝箱，会发现宝箱中的东西已经强化了，而且600年的东西还可以再去拿。
隐藏三人技：
游戏中有5个发动隐藏三人技的饰物，分别是白之石、黑之石、青之石、金之石和银之石。这些饰物可以通过特定的方式获得，例如：
白之石：黑之梦中的宝箱中。
黑之石：古代的宫殿中，按水风火的顺序打开书，进入隐藏房间即可找到。
青之石：600年的巨人之爪内的宝箱中。
金之石：青蛙拿到强化的圣剑后，将之排在首位，前往600年托尔斯山，被人扔石头时故意被打中，按A键即可得到。
银之石：前往原始时代被烧毁的村子遗迹，与怪物对话两次。
战神：
在时之最果可以与战神对战，赢后可得到奖品。战神会随着队伍的级别上升而改变形态，LV99级时非常难打，奖品也会随之改变。
各地封印的石碑及门：
剧情发展到项链被魔神器强化过后，得到时空之翼就可以去AD600、AD1000、AD2300开启封印的石碑和门。具体奖励包括：
嘉鲁帝亚城：红背心（可升级为红铠甲）。
托鲁斯村旅馆：蓝背心（可升级为蓝铠甲）。
哈里波莱村：黑&白背心（可升级为黑&白铠甲）。
英雄之墓：诺亚铠甲&鬼丸&魔女之弓（可升级为月铠甲&朱雀&女神之弓）。
这些隐藏要素为游戏增加了丰富性和重玩价值，建议玩家在探索过程中留意这些细节。
